אלי זעירא נולד בשנת 1928 בישראל. בשנת 1946 התגייס לשורות הפלמ"ח ובמלחמת העצמאות לחם במסגרת חטיבת יפתח. הוא לחם בשלוש חזיתות שונות נגד צבא ההצלה בגליל, נגד הלגיון הערבי באזור לטרון ונגד הצבא המצרי בנגב הצפוני ובסוף המערכה היה למפקד פלוגה.
בשנים 1950-1949 פיקד על בית הספר למפקדי כיתות בפיקוד דרום ובשנים 1951-1950 היה חניך בקורס למפקדי פלוגות בצבא האמריקני. עם שובו מחו"ל היה למדריך בבית הספר למפקדי גדודים. בשנים 1954-1953 עמד בראש ענף במחלקת התכנון במטה הכללי ובשנים 1955-1954 שימש כראש לשכתו של הרמטכ"ל משה דיין.
בשנת 1956 פיקד על גדוד חי"ר 51 בחטיבת גבעתי ולאחר פירוקה מונה לראש ענף מבצעים במטה הכללי, בכלל זה בתקופת מערכת סיני. בשנים 1958-1957 השתלם בקורס לפיקוד ומטה בצבא האמריקני ולאחר שובו הושאל במשך שנה למוסד והיה חבר במשלחת יועצים לצבא אתיופיה. בשנים 1962-1960 פיקד על חטיבת הצנחנים הסדירה 35 ובשנים 1963-1962 עמד בראש מחלקת המבצעים במטה הכללי. בסיום תפקידו עבר לאגף המודיעין ובשנים 1968-1963 עמד בראש מחלקת האיסוף. בתקופת כהונתו הוכנה התשתית המודיעינית שהביאה לצה"ל את ניצחונו הגדול במלחמת ששת הימים.
בשנים 1970-1968 כיהן כעוזר ראש אמ"ן ובשנים 1972-1970 שמש כנספח צה"ל בארצות הברית בדרגת אלוף. לאחר חזרתו לארץ התמנה לראש אגף המודיעין ובמסגרת תפקידו היה אמון על הערכת המודיעין הלאומית על יכולות האויב ועל כוונותיו בזירות הלחימה השונות.
מיקוד מיוחד הושם על הלחימה בארגוני הטרור בעקבות רצח הספורטאים באולימפיאדת מינכן, אך גם האיסוף על צבאות ערב לא ננטש. בתקופת כהונתו פרצה מלחמת יום הכיפורים, והוא נתפס כמי שהיה אחראי לכך שצה"ל הופתע עם פתיחתה והעריך הערכת חסר את כוונות האויב. לאחר המלחמה קבעה ועדת אגרנט כי הוא נושא באחריות לכשל המודיעיני וכי אינו יכול להמשיך עוד בתפקידו. בשנים 1975-1974 יצא ללימודים בארצות הברית ועם שובו משם השתחרר משירות קבע בצה"ל.