מלחמות הגנרלים הוא כינוי שניתן למחלוקות שהתקיימו בקרב הקצונה הבכירה בצה"ל במהלך מלחמת יום הכיפורים. רובן אירעו בחזית הלחימה המצרית בין דרגי הפיקוד הגבוהים שם, באופן שהעיב על ניהול המערכה והתבטא בהטחת האשמות הדדית שנמשכה שנים רבות לאחר סיומה.
בימים שקדמו למלחמת יום הכיפורים, ניטש ויכוח בצמרת הביטחונית של ישראל סביב השאלה מהי מידת הסבירות שתפרוץ מלחמה כוללת עם סוריה ומצרים והאם יש בכוונתן לעשות כן. בלב המחלוקת עמדה הערכת ראש אגף המודיעין אלוף אלי זעירא, שסבר כי הסבירות לכך נמוכה ודגל בסט של התניות שנודע בכינוי הקונספציה. פריצת מלחמת יום הכיפורים בהפתעה הביאה לקריסתה של הקונספציה, אך ההתעסקות בהיבטיה המודיעיניים והפילוסופיים ובבחינת כשליה נדחקו למועד מאוחר. הקדימות ניתנה לניהול המלחמה בתנאי פתיחה גרועים ולניסיונות למזער את נזקי ההפתעה ולהשיב לצה"ל את היוזמה.
בעוד שבפיקוד הצפון לא התגלעו תוך כדי לחימה ויכוחים בין אלוף יצחק חופי מפקד הפיקוד לבין שלושת מפקדי האוגדות שהוכפפו תחתיו, או ריבים בין מפקדי האוגדות לבין עצמם, הרי שבפיקוד הדרום היה המצב שונה בתכלית. בראש הפיקוד עמד אלוף שמואל גונן (גורודיש), אשר נכנס לתפקידו כחודשיים וחצי לפני המלחמה ולאחר שהחליף בתפקיד את אריאל שרון, שמונה למפקד אוגדת המילואים 143 עם פרישתו משירות קבע בצה"ל. תחת האלוף גונן, הוכפפו כמפקדי אוגדות לבד משרון, גם אלוף אברהם אדן מפקד גיסות השריון ומפקד אוגדת המילואים 162 ואלוף אברהם מנדלר מפקד אוגדה 252 הסדירה. יצוין כי לאלופים שרון ואדן היה יותר ותק וניסיון בפורום המטה הכללי מזה של מפקד הפיקוד, ודומה כי היה לכך משקל בדפוסי הפעולה ביניהם תוך כדי לחימה אשר הלכו והיו לעכורים.
כישלון מתקפת הנגד ב-8 באוקטובר 1973 בחזית המצרית, על רקע טלטולה לשווא של אוגדה 143 ומבלי שתרמה ללחימה, נתן את אות הפתיחה למלחמת הגנרלים בדרום. אלוף הפיקוד הצטייר כמי שלא קרא נכון את תמונת הקרב וחל כרסום במעמדו כמפקד זירת המערכה עם מצרים. למחרת, החריפה המתיחות בינו לבין אלוף אריאל שרון, לאחר שהאחרון יזם מתקפה על המתחמים המצריים במכשיר ובחמוטל בניגוד להוראה המפורשת להימנע מקרבות שחיקה. אלוף הפיקוד ראה בפעולה זו משום אי ציות לפקודה והאשימו באי אמירת אמת. לאור הדיווחים על הנעשה בפיקוד הדרום הגיעו שר הביטחון משה דיין והרמטכ"ל דוד אלעזר למסקנה כי גורודיש אינו בשל דיו לפקד על פיקוד ונשקל להחליפו בדמות סמכותית ומנוסה יותר.
לאור התוצאות העגומות של פיקוד הדרום ב-8 וב-9 באוקטובר, הוחלט לאחר קבלת אישור מראשת הממשלה גולדה מאיר למנות את שר המסחר והתעשייה והרמטכ"ל לשעבר חיים בר לב למפקד חזית הדרום. האלוף גונן נותר בתפקידו, אך הוא הוכפף תחת בר לב שנכנס לתפקיד ב-10 באוקטובר והיה למפקד בפועל של הלחימה במצרים. במשך מספר ימים דמותו הסמכותית והבוטחת של בר לב השיבה את הסדר בפיקוד הדרום על כנו, אולם עם תחילת המערכה לצליחת התעלה בליל ה-16-15 באוקטובר שבה ונעכרה האווירה. בר לב וגורודיש האשימו את אלוף אריאל שרון בהדלפות לפוליטיקאים, במתן דיווחים לא נכונים ובעשייה לצרכי פרסום וקידום אישי. כאשר נערך ב-17 באוקטובר דיון מקצועי בחפ"ק אוגדה 162 בין המפקדים הבכירים בחזית ובהשתתפות שר הביטחון צף המתח על פני השטח. בר לב טען כי היה קיים פער בין הדיווחים לבין המציאות, וכי בניגוד למתוכנן לא יוצב מסדרון צליחה בגדה המזרחית ובוודאי שלא הייתה התמוטטות של האויב. על אותה פגישה העיד אלוף שרון בספרו שנים רבות אחר כך, כי למשמע דברים אלה השתוקק לסטור לבר לב על פניו, אך התאפק מאוד מלעשות זאת. גם בדיון מאוחר יותר, שהתקיים באותו יום בחפ"ק פיקוד הדרום ללא נוכחותו של שרון, לא נחסכה ביקורת עליו. בר לב, גורודיש וסגנו אורי בן-ארי הטילו ספק בכך ששרון יעמוד בסיכום הרמטכ"ל לפיו אוגדה 143 תפעל להרחבת מסדרון הצליחה, בעוד אוגדה 162 תצלח ראשונה. זאת ועוד, השלושה שבו וטענו בפני הרמטכ"ל כי שרון אינו ממלא פקודות ומעביר דיווחים שגויים.
שר הביטחון דיין היה מודע היטב להלכי הרוח בצמרת הפיקוד, אך בה בעת העריך את מצביאותו של שרון ואת יכולותיו הפיקודיות, העניק לו גיבוי וביקש להימנע ממלחמות יהודים בעיצומה של המלחמה. הרמטכ"ל לא רווה נחת מפעולותיו של שרון, אך בדומה לשר הביטחון ביקש להימנע מזעזועים מיותרים בצמרת באמצע הלחימה. לפיכך, כאשר שב וביקש ממנו אלוף פיקוד הדרום ב-19 באוקטובר להעביר את שרון מתפקידו מאחר שאינו מבצע את המוטל עליו, הוא נמנע מלעשות זאת. גורודיש סירב להרפות ושב והתרעם ב-21 באוקטובר על כך ששרון אינו ממלא את פקודותיו באשר לתקיפת מתחם מיסורי. שרון מצידו קבל בפני שר הביטחון על הוראה זו וטען כי משמעותה פשוט להקיז דם.
כניסת הפסקת האש לתוקף בבוקר ה-24 באוקטובר סיימה את מלחמת יום הכיפורים, אך לא את מלחמות הגנרלים. האווירה העכורה בקרב הקצונה הבכירה והדם הרע שהיה בין חלק מחבריה נותרו גם לאחר המלחמה והיו לנחלתם של רבים. הם קיבלו את ביטויים בכנסים שנערכו בתוך הצבא לסיכום מהלכי המלחמה ולהפקת לקחים, בעדויות שניתנו במסגרת ועדת אגרנט ובשורה של פרסומים שנכתבו מטעם בעלי התפקידים או עליהם. מלחמות הגנרלים שהיו לאחד מסימני ההיכר של מלחמת יום הכיפורים הוסיפו ללוות את החברה הישראלית עוד שנים רבות אחריה והיו לחלק בלתי נפרד מהטראומה הלאומית.