עקיבא פגי נולד בשנת 1927 בישראל. בגיל שנתיים עזב עם משפחתו לצ'כוסלובקיה, אך בשל עליית כוחם של הנאצים במזרח אירופה שב עימה בשנת 1938 לארץ. עם גיוסו לצה"ל הוצב בחיל הים והשתלב במערך הטכני שלו. במהלך שירותו למד הנדסת מכונות ועסק למעלה מעשור בנושאי אחזקה בשייטת המשחתות.
בשנים 1968-1965 עמד בראש ענף ציוד במטה החיל, ובשנים 1969-1968 שימש כסגן ראש מחלקת ציוד במפקדת חיל הים. בשנים 1971-1969 ניהל עבור החיל פרוייקט פיתוח במסגרת משרד הביטחון, ובשנים 1975-1971 עמד בראש מחלקת ציוד והועלה במהלך תפקידו לדרגת תת אלוף.
בתקופת כהונתו פרצה מלחמת יום הכיפורים ובמסגרתה השתתף בדיונים האופרטיבים ובהערכות המצב של צמרת הפיקוד של חיל הים. בנוסף, המחלקה תחת פיקודו נתנה שירותי תיקון ואחזקה למגוון סוגי כלי השיט והעבירה להם אספקה שוטפת של חימוש ודלק. בשנת 1975 השתחרר משירות קבע בצה"ל.
הוא נפטר ב-1 ביולי 2008.