גדעון אבידור נולד בשנת 1939 בישראל. בשנת 1957 התגייס לצה"ל והוצב בחיל השריון בו עשה את עיקר שירותו הצבאי. בשנת 1960 הוסמך לקצין שריון, אך כעבור שנה השתחרר משירות סדיר. בשנת 1963 התגייס בשנית לצה"ל, עבר קורס מפקדי פלוגות בשריון ושימש בשנים 1966-1965 כקצין מבצעים של חטיבת השריון הסדירה 7.
בשנים 1968-1966 שימש כקצין האג"ם של חטיבת השריון במילואים 520 ולחם עימה במלחמת ששת הימים בעומק סיני. בשנים 1969-1968 שימש כסגן מפקד גדוד טנקים 9 בחטיבת השריון 14 ובשנים 1971-1969 שימש כמדריך הראשי של בית הספר לשריון.
בשנים 1972-1971 פיקד על גדוד טנקים 46 בחטיבת השריון הסדירה 401 ובשנים 1973-1972 שימש כסגן מפקד החטיבה. כחודשיים לפני פרוץ מלחמת יום הכיפורים מונה לקצין האג"ם של אוגדת השריון הסדירה 252 בסיני. בתחילת המלחמה תיאם את הפעילות בין הכוחות השונים שפעלו לאורך קו התעלה והוריד פקודות ליחידות בשטח. לאחר מכן היה שותף לניהול קרבות הבלימה בגזרה הדרומית של התעלה מול הארמיה השלישית של צבא מצרים. בהמשך צלח עם האוגדה את התעלה והיה מעורב בתיאום פעולותיה בקרב ההבקעה על אדמת מצרים.
בשנים 1975-1974 עמד בראש ענף אימון מתקדם לקצינים בבית הספר לשריון ובמקביל פיקד על חטיבת השריון במילואים 421. בשנים 1977-1976 פיקד על בית הספר לשריון ובמינוי משני המשיך לפקד על החטיבה שמספרה שונה ל-755. בשנים 1981-1978 שימש כסגן מפקד גייסות השריון בדרגת תת אלוף ובשנים 1982-1981 למד במכללה לביטחון לאומי (מב"ל). בשנים 1983-1982 שימש כסגן מפקד גיס 441 בפיקוד הדרום.
בשנים 1986-1983 כיהן כנספח צה"ל בסינגפור ובתום תפקידו השתחרר משירות קבע בצה"ל.