רפאל (רפול) שפר נולד בשנת 1927 בישראל. בשנת 1945 הצטרף לשורות הפלמ"ח, ובמסגרתו היה מעורב בפעולות חבלה נגד המנדט הבריטי ובהעלאת מעפילים. במלחמת העצמאות לחם במסגרת הגדוד הרביעי בחטיבת הראל והשתתף בקרבות המרים לפריצת הדרך לירושלים ובקרבות בחזית הדרום נגד הצבא המצרי. תוך כדי המלחמה עבר קורס קצינים והוא סיים אותה כמפקד פלוגה.
לאחר שחרורו מצה"ל המשיך לשרת במילואים ומילא תפקידי פיקוד ונטל חלק פעיל בלחימה. הוא לחם במערכת סיני ובהמשך עבר הסבה לשריון והתקדם במסגרת החיל. בשנת 1962 קיבל את הפיקוד על גדוד טנקים 266 בחטיבת השריון במילואים 37.
בשנים 1965-1963 עמד בראש משלחת מטעם משרדי הביטחון והחקלאות בחוף השנהב שבמערב אפריקה. לאחר חזרתו לארץ שב ופיקד על גדוד 266 בשנים 1973-1965 בדרגת סגן אלוף. במהלך תקופת כהונתו פרצה מלחמת ששת הימים והוא הוביל אותו בקרבות לכיבוש צפון השומרון נגד הצבא הירדני ובלחימה ברמת הגולן נגד הצבא הסורי.
בשנת 1973 התמנה לקצין קישור במפקדת אוגדה 36 בפיקוד הצפון. במהלך שירותו פרצה מלחמת יום הכיפורים ובשעות הראשונות ללחימה התמנה למפקד גדוד טנקים 289 בחטיבת השריון במילואים 679, שהועלתה לרמת הגולן. הוא הוביל את הגדוד בקרב לבלימת הצבא הסורי באזור הבוסטר ומילא תפקיד חשוב בהדיפת האויב ממחנה נפח. במהלך קרב זה ב-7 באוקטובר הוא נפצע ובכך סיים את תפקידו במלחמה.
בשנים 1982-1979 עמד בראש אגף הנוער והנח"ל במשרד הביטחון.
הוא נפטר ב-16 ביולי 1990.