שבתאי לוי נולד בשנת 1933 בישראל. בשנת 1950 התגייס לצה"ל, הוצב בחיל הים ועשה בו את עיקר שירותו הצבאי. לאחר שסיים קורס חובלים והוסמך כקצין ים שירת על כלי שיט שונים בשייטת המשחתות. הוא לחם במסגרתה במערכת סיני והשתתף בקרב להכנעת הספינה המצרית איברהים אל-אוול.
בשנת 1959 עבר בבריטניה הכשרה בתותחנות ובטילים, ולאחר שובו לארץ היה חבר בצוות פיתוח של מערכת טילים מונחים במסגרת הרשות לפיתוח אמצעי לחימה. בשנת 1965 היה חניך במכללה הבין זרועית לפיקוד ומטה ובשנים 1968-1966 פיקד על בית הספר לחובלים בבסיס ההדרכה של חיל הים בחיפה.
בשנים 1969-1968 פיקד על פלגה 914 שהתבססה על ספינות טורפדו בבסיס חיל הים באשדוד. בשנים 1971-1969 פיקד על פלגה 32 שהתבססה על ספינות טילים (סטי"לים) והיה מעורב בהברחה של חלקן מהנמל הצרפתי בשרבור.
בשנים 1973-1971 פיקד על שייטת הסטי"לים (שייטת 3), היה ממעצבי תורת הלחימה שלה והוביל אותה בשורה של מבצעים משותפים עם יחידות העילית של צה"ל בלבנון. בתום תפקידו יצא לקורס פיקוד ומטה בכיר במכללת הצי האמריקני, אך במהלכו פרצה מלחמת יום הכיפורים והוא קטע את לימודיו שם ושב לארץ. הוא מונה לעוזרו של מפקד חיל הים למבצעים והשתתף לאורך המלחמה בדיונים האופרטיביים ובהערכות המצב של צמרת הפיקוד החילית.
בתום המלחמה שב לקורס בארצות הברית ולאחר שסיים את הכשרתו שם פיקד בשנים 1975-1974 על בסיס ההדרכה של חיל הים בחיפה. בשנים 1976-1975 פיקד על זירת ים סוף בדרגת תת אלוף והוביל את ההיערכות מחדש של החיל בגזרה בעקבות יישום הסדר הביניים עם מצרים.
בשנים 1977-1976 עמד בראש מספן ים ושימש כסגנו של מפקד החיל. הוא השתחרר בשנת 1978 משירות קבע בצה"ל.