שמואל גונן (גורודיש) נולד בשנת 1930 בליטא. בשנת 1933 עלה לישראל עם משפחתו ובאמצע שנות הארבעים הצטרף לשורות ארגון ההגנה. במלחמת העצמאות התגייס לפלמ"ח ולחם במסגרת חטיבת הראל בקרבות בגזרת ירושלים בהם גם נפצע. לאחר פירוק הפלמ"ח וסיום המלחמה הוצב בחיל השריון בו עשה את עיקר שירותו הצבאי.
במערכת סיני פיקד על פלוגת טנקים בגדוד 82 בחטיבת השריון הסדירה 7, לחם נגד המצרים בקרב אבו-עגילה ונפצע שם באורח קשה. על פועלו בקרב קיבל את צל"ש הרמטכ"ל שהומר לעיטור העוז. לאחר התאוששותו מהפציעה שב למלא תפקידי פיקוד ומטה בחיל השריון. בשנים 1962-1960 פיקד על גדוד 82 ובשנים 1963-1962 עמד בראש ענף תורת חיל השריון במפקדת גייסות השריון (מפג"ש).
בשנים 1964-1963 שימש כקצין האג"ם של מפג"ש ובמינוי משני כקצין האג"ם של אוגדה 84. בשנים 1966-1965 שימש סגן מפקד חטיבה 7 ובשנים 1969-1966 היה למפקדה. בתקופת כהונתו פרצה מלחמת ששת הימים והוא הוביל אותה בקרבות ההבקעה מול הצבא המצרי בגזרת רפיח-אל-עריש, והגיע עמה עד לתעלת סואץ. בנוסף, פיקד על החטיבה בפשיטת צה"ל על העיירה כראמה בירדן ובלחימה בקו התעלה נגד המצרים במלחמת ההתשה.
בשנים 1972-1969 פיקד על אוגדת המילואים 36 בפיקוד הצפון, ובשנים 1973-1972 עמד בראש מחלקת ההדרכה במטה הכללי בדרגת אלוף ובמינוי משני פיקד על אוגדת השריון במילואים 143. בקיץ 1973 מונה למפקד פיקוד הדרום ובתקופת כהונתו פרצה מלחמת יום הכיפורים. הוא הוביל את קרבות הבלימה בסיני נגד הצבא המצרי אך טעה בקריאת תמונת הקרב וכשל בניהול מתקפת הנגד.
בנוסף לכך היו יחסיו עם מפקדי האוגדות תחתיו עכורים, ולאור כל זאת מונה מעליו הרמטכ"ל לשעבר חיים בר לב כמפקד חזית הדרום, במהלך שהביע אי נחת מתפקודו. הוא הוסיף להיות שותף לניהול המלחמה עד לסיומה, אך חודש לאחר הפסקת האש הועבר מתפקידו. הוא מונה למפקד מרחב שלמה בדרום סיני, תפקיד בו החזיק כחצי שנה עד להשהייתו ממנו בשל פרסום דו"ח הביניים של ועדת אגרנט.
ועדת החקירה קבעה כי לא פעל כנדרש מאלוף פיקוד, הן בשלב ההיערכות והן בשלב ניהול הקרב, והמליצה כי לא ימלא עוד תפקיד פיקודי על-עוצבתי או תפקיד מקביל לו במטה הכללי. בשנת 1975 ריכז עבודת מטה שבחנה את הקמתה של מפקדת חילות השדה. בשנת 1976 השתחרר משירות קבע בצה"ל.
הוא נפטר ב-30 בספטמבר 1991.