יעקב אגסי נולד בשנת 1932 בישראל. בשנת 1950 התגייס לחיל האוויר והתנדב לקורס טיס. בתום הקורס בשנת 1951 עבר הכשרה על מטוסי הבוכנה ובאמצע שנות החמישים עבר הסבה למטוסי סילון. במערכת סיני לחם כטייס אוראגן בטייסת 113 ובשנים 1959-1957 שימש כסגן מפקד טייסת, תחילה ב-101, שהתבססה על מטוסי מיסטר ובהמשך ב-110.
בשנים 1963-1959 פיקד על טייסת 110, שהתבססה על מטוסי הווטור וביצעה בהובלתו בעיקר גיחות צילום ארוכות טווח בעומק שטחו של האויב. בשנים 1964-1963 עמד בראש ענף הדרכה במטה החיל ובשנים 1966-1964 פיקד על בית הספר לטיסה בבסיס חיל האוויר תל נוף. בתום תפקידו עבר הסבה על מטוסי מיראז', ובמלחמת ששת הימים לחם כטייס מבצעי בטייסת 119, שהתבססה על מטוס זה. הוא השתתף במסגרתה במבצע מוקד ותקף שדות תעופה במצרים ובירדן.
בשנים 1970-1967 פיקד על בסיס חיל האוויר רמת דוד לאורך מלחמת ההתשה. בתקופת כהונתו נקלטו מטוסי הסקייהוק והפנטום, וטייסות הקרב בבסיס ערכו מאות גיחות מבצעיות בשמי מצרים וסוריה. בשנים 1972-1970 עמד בראש מחלקת המבצעים במטה החיל ולקח חלק מהותי בהכנת התכניות האופרטיביות, שעתידות היו לשמש את חיל האוויר בתרחיש של מלחמה כוללת.
עם פרוץ מלחמת יום הכיפורים לחם כטייס פנטום במסגרת הצבת חירום בטייסת 69. בעקבות נפילתו של אל"ם ארלוזור לב ביום הרביעי למלחמה, מונה בשנית למפקד בסיס חיל האוויר רמת דוד עד לסיומה. ארבע טייסות הקרב, שפעלו מהבסיס, ביצעו מאות גיחות תקיפה ובפרט בחזית הצפונית מול סוריה. בשנת 1974 השתחרר משירות קבע בצה"ל.
הוא נפטר ב-12 בנובמבר 2022.