יעקב ניצן נולד בשנת 1936 בישראל. בשנת 1955 התגייס לצה"ל והוצב בחיל הים, בו עשה את עיקר שירותו הצבאי. הוא הוכשר כבקר אש ושירת על המשחתת יפו עימה לחם במערכת סיני. לאחר המלחמה עבר קורס חובלים והוכשר כקצין ים. בשנים 1960-1957 שירת בשייטת ספינות הטורפדו במגוון תפקידים והיה למפקד ספינה. במהלך שירותו בשייטת מנע את טביעתה של אחת הספינות, לאחר שמים חדרו בתחתיתה על ידי אטימתה תוך כדי צלילה, ועל כך זכה לציון לשבח מהרמטכ"ל, שלימים הומר בעיטור המופת.
בשנת 1961 שב לשייטת המשחתות שם שימש תחילה כקצין תותחנות של המשחתת אילת ובהמשך של השייטת כולה. בשנים 1966-1965 למד במכללה הבין זרועית לפיקוד ומטה (פו"ם) ובשנים 1967-1966 פיקד על צוערים בבית הספר לקציני ים בעכו. בשנת 1968 שהה בעיקר באירופה, תחילה בקורס טקטי בצי הבריטי, ובהמשך במספנה הצרפתית בשרבור לטובת קליטת ספינות טילים (סטי"לים) מדגם סער-2.
בשנים 1970-1969 היה למפקדה הראשון של ספינת הטילים עכו ובשנים 1973-1970 פיקד על בית הספר לחובלים בבסיס חיל הים בחיפה. בשנים 1974-1973 פיקד על פלגה 32 בשייטת הסטי"לים (שייטת 3). בתקופת כהונתו פרצה מלחמת יום הכיפורים במסגרתה השתתף בקרב הימי מול פורט סעיד, בהפגזת מטרות כלכליות לאורך החוף הסורי ובהפגזת מטרות צבאיות לאורך החוף המצרי.
בשנים 1975-1974 פיקד על מתקן התרגול הטקטי (מת"ט) בבסיס חיל הים בחיפה, ששימש לאימון יחידות החיל בלוחמה ימית לסוגיה. בשנים 1977-1975 פיקד על זרוע הים בפו"ם והועלה לדרגת אלוף משנה. בשנים 1980-1977 כיהן כנספח ימי בארצות הברית ובקנדה. בשנת 1981 השתחרר משירות קבע בצה"ל.