יונה אפרת נולד בשנת 1925 בפולין. בגיל עשר עלה לארץ ובאמצע שנות הארבעים היה חבר בארגון ההגנה. במלחמת העצמאות לחם במסגרת חטיבת גולני בשורה של קרבות, הן בחזית הצפון והן בחזית הדרום, ונמנה על משחרריה של אילת. בשנת 1951 פיקד על פלוגת הסיור של חטיבת גולני ובשנים 1956-1954 מילא תפקידי מטה במפקדת פיקוד הצפון.
במלחמת סיני שימש כקצין האג"ם של חטיבה 9 והשתתף בכיבוש קו החוף המזרחי של חצי האי סיני עד לשארם אל-שיח'. לאחר המלחמה היה חניך במכללה הבין זרועית לפיקוד ומטה (פו"ם) ובשנים 1958-1957 פיקד על גדוד 51 בחטיבת גולני, כאשר במינוי משני שימש כקצין אג"ם באוגדה 36. בשנים 1961-1958 שימש מדריך בפו"ם ובשנים 1962-1961 עמד בראש ענף טקטי במחלקת ההדרכה במטה הכללי.
בשנים 1964-1963 עמד בראש ענף מבצעים באגף המטה ובשנים 1966-1964 שימש כעוזר ראש מחלקת ההדרכה במטה הכללי לנושאי חי"ר ובמינוי משני פיקד על חטיבת חי"ר במילואים 2. בשנים 1968-1966 פיקד על חטיבת גולני ובכלל זה בזמן מלחמת ששת הימים. תחת פיקודו לחמה החטיבה בצבא ירדן והשתתפה בכיבוש צפון השומרון, ובהמשך לחמה בצבא הסורי והשתתפה בקרב ההבקעה בצפון רמת הגולן.
בשנים 1969-1968 עמד בראש מחלקת המבצעים באגף המטה ובשנים 1972-1969 עמד בראש מטה פיקוד המרכז. במסגרת תפקיד זה היה מעורב בלחימה במחבלים שהסתננו מירדן במסגרת מלחמת ההתשה בחזית המזרחית. בשנים 1973-1972 שימש כעוזר ראש אג"ם ובשנים 1977-1973 פיקד על פיקוד המרכז בדרגת אלוף.
בתקופת כהונתו פרצה מלחמת יום הכיפורים ובמסגרת תפקידו היה מופקד על היערכות צה"ל בהגנה לאורך הגבול עם ירדן למקרה שתיפתח חזית לחימה שלישית. לאחר המלחמה התמקד בסיכול טרור בשטחי יהודה ושומרון ובמניעת ניסיונות להפר שם את הסדר. בשנים 1978-1977 יצא ללימודים ובשנת 1979 פרש משירות קבע בצה"ל. הוא נפטר ב-4 ביוני 1993.